Khi Owen lên bảy tuổi cha của anh đã thuyết phục huấn luyện viên của câu lạc bộ Mold Alexandra để anh vào đội của ông, gồm các thành viên ở lứa tuổi lên 10. Michael là cầu thủ trẻ nhất và nhỏ nhất, nhưng anh sớm bộc lộ tài năng của mình và trở nên nổi tiếng, là "vũ khí bí mật" của câu lạc bộ. Khi 15 tuổi, Michael được mời vào chơi thử cho đội bóng lớn nhất xứ Wales - Cardiff City F.C. Sau đó anh đá chính thức và trở thành cầu thủ chuyên nghiệp cho đội[9].Đầu tháng 7, Michael Owen gia nhập Manchester United sau khi hết hạn hợp đồng với câu lạc bộ Newcastle United. Bản hợp đồng mới có thời hạn 2 năm. Năm 2009 Owen chuyển sang thi đấu trong màu áo Manchester United. Hiện nay anh đang thi đấu cho câu lạc bộ Stoke City ở giải ngoại hạng Anh và mang số áo 10.